Yagami Light est un brillant étudiant. Un jour, par hasard, il trouve par terre un étrange cahier noir, le "Death Note". En lisant les instructions sur la première page, il découvre que ce cahier offre la possibilité à son propriétaire de tuer n'importe quelle personne sur Terre en disposant simplement de son nom et de son visage : il suffit alors d'écrire son nom sur le cahier (plusieurs options sont possibles : on peut décrire les circonstances de la mort, etc).

Au début incrédule, très vite le jeune Light va se servir du cahier pour tuer les criminels dont il entend parler par l'intermédiaire des médias. Mais un soir, il reçoit la visite du véritable propriétaire du cahier : un Shinigami (dieu de la mort) nommé Ryûk, qui lui avoue avoir volontairement laissé tomber son Death Note dans le monde des Humains "parce qu'il s'ennuyait". Il lui annonce aussi que ce cahier est à lui, et qu'il peut en disposer comme bon lui semble. Light lui annonce alors son projet : exercer Sa justice avec le Death Note en tuant "tous ceux qui n'ont pas le droit de vivre" pour créer un "monde nouveau", dont il serait le Dieu....

La nouvelle se répand alors dans le monde entier : une entité, baptisée Kira (déformation pour "killer"), a le pouvoir de tuer n'importe qui sur Terre à n'importe quel moment. La police ouvre alors une enquête, aidée d'un mystérieux détective, nommé "L". Light, au côté de la présence passive de Ryûk, va tout faire pour empêcher ce "L" de s'interposer dans ses projets : commence alors un diabolique duel entre deux esprits fins et calculateurs...