Il y a 22 ans, un mystérieux phénomène sismique frappa violemment le district de Yokohama, le séparant définitivement du reste du Japon. Des années plus tard, dans ce monde perdu, une partie des nouveaux nés commencèrent à développer des pouvoirs extraordinaires propres à leurs possesseurs. Yokohama devint une région chaotique à cause de ces humains mutés, connus sous le nom d'Alters.
Maintenant, l'ancienne métropole continue de se reconstruire et les Alters se sont séparés en deux camps :
- Ceux qui ont rejoint Holy, une organisation qui espère remettre de l'ordre et de la morale.
- Ceux qui vivent à l'extérieur et qui souhaitent diriger et écraser les humains.
Seul Kazuma, un puissant Alter, s'intéeressant uniquement aux travaux extérieurs et à Kanami, une orpheline, ignorant qu'il pouvait détenir la clé de l'harmonie, se dressait entre ces deux mondes en guerre.