Full Metal Alchemist raconte l'histoire de deux frères, Edward (Ed) et Alphonse (Al) ELRIC, dans un monde inédit où une science nouvelle a fait son apparition : l'alchimie.Ed et Al montrent très tôt (5-6 ans) une attirance pour l'alchimie et il se débrouillent d'ailleurs très bien. Sans doute l'hérédité avec leur père, alchimiste d'état qui les a abandonnés, explique ce don. Ils passent ainsi quasiment tout leur temps à apprendre à maîtriser cet art, jusqu'au jour où un drame survient dans leur famille : leur mère meurt, emportée par la maladie. Ed décide alors de ressusciter sa mère grâce à l'alchimie et entraîne son petit frère dans son délire...Pendant l'expérience, Ed perd une jambe et le corps de Al se dissocie complètement. Dans un élan de désespoir, Edward réussit à fixer l'âme de son frère dans une armure, au prix de son bras droit.Ed se fait alors installer deux auto-mail pour remplacer ses membres perdus, et décide avec Al de devenir alchimiste d'état : des alchimistes reconnus comme étant les meilleurs, mais surtout étant recrutés par l'armée. Ce statut permettra à nos deux bambins d'avoir accès à des fonds de recherche, ainsi qu'à de nombreux documents, inaccessibles autrement. A l'âge de 12 ans, Edward devient alchimiste d'état et on lui décerne le titre de Fulll Metal Alchemist. Il découvre ensuite que ce qu'il recherche se cache sous le nom de pierre philosophale, qui permet à son détenteur de passer outre le principe d'échange équivalent. C'est le seul moyen pour parvenir à son but : redonner à son frère son corps humain, et récupérer sa jambe et son bras !